A preocupação e o interesse crescentes com o sucesso dos alunos com necessidades educativas especiais (NEE), incluídos nas escolas regulares, a par da aceitação dos efeitos positivos da inclusão e da prática desportiva no seu desenvolvimento global e no seu auto-conceito, conduziu-nos ao estudo das relações entre o auto-conceito e a prática desportiva neste grupo de alunos. Neste estudo pretende-se analisar o auto-conceito (académico e não académico) em alunos com e sem NEE, e estudar as diferenças no auto-conceito em função da prática desportiva em alunos com NEE, numa amostra de 399 alunos, de ambos os sexos que frequentam os 5º e 6º anos de escolariedade, dos quais 124 alunos têm NEE (dificuldades de aprendizagem, paralisia cerebral, problemas de audição e visão, perturbações emocionais e outros problemas de saúde). Os resultados apontam para diferenças no auto-conceito académico, global e social na relação com os pais a favor dos alunos sem NEE e no auto-conceito de aparência física a favor dos alunos com NEE. Relativamente às diferenças no auto-conceito em alunos com NEE, em função da prática desportiva, observam-se diferenças significativas a favor dos alunos com NEE que praticam desporto, nas dimensões verbal, assuntos escolares em geral, social na relação com os pares e competência física.